索瓦日巴（藏药馆）是展示藏族医学发展成果的重要展馆，馆内主要分为视频宣传、文物展柜、书籍展销和走廊展。为方便游客了解索瓦日巴藏药的发展，展馆内几乎所有的展出内容都使用中、英、藏多语种进行阐述。其中视频宣传片讲述了索瓦日巴作为国家级非物质文化遗产的发展历程、传承保护以及医学意义，并结合三语轮播宣传。展柜内陈列物品主要为索瓦日巴在发展过程的珍贵文物、器材等，如扦棍疗法器械、藏医尿珍器、索瓦日巴用品、索瓦日巴古籍、药效功绩以及天文历算相关的文物、工具。展销区内则销售索瓦日巴的文献典籍。
走廊展是展馆的重要组成部分，以图文形式展示了索瓦日巴的发展历史、非遗保护成果、药材标本、技艺传承人、医药大师、名医谱系、重要文献《四部医典》及其病理常识等。
索瓦日巴作为一门独立的医药体系，因其对疾病的认知实践和独具特色的诊疗方法，在世界医学之林占据重要地位。近年来，索瓦日巴加强了传承主体保护、社区群体参与力度以及知识宣传等保护措施，取得了显著的成果。
在走廊展中，记者看到了由藏医院生药研究所提供的生长在雪域高原的药材标本，诸如红花绿绒蒿、多刺绿绒蒿、藏南绿绒蒿、川西绿绒蒿、大花绿绒蒿等。
目前，索瓦日巴在各个领域都培养了代表性传承人，如仁青常觉配伍技艺传承人多吉、索瓦日巴（藏医药）外治法传承人米玛、直孔索瓦日巴传承人曲吉桑布、索瓦日巴尿诊法传承人格桑次仁等，他们多系统学习了索瓦日巴理论与实践，并在各自领域内做出了突出贡献。
此外，除了藏医药展览，馆内还对与索瓦日巴联系紧密的天文历算作了图文介绍。
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